En la parte interior del templo, está la Cripta, donde descansan los restos mortales de Santa Teresa de Los Andes. Nuevamente nos encontramos con una arquitectura sencilla y de corte carmelitana teresiana. La presencia del gran sarcófago de la Santa, fue hecho en piedra rosa-oscura de Chacabuco, y su estatua esbelta, hacen que el peregrino se sienta en honda espiritual y en actitud espontánea de silencio profundo. Los devotos colocan agradecidos, sus flores alrededor de la tumba.

Las paredes de la Cripta están artísticamente pintadas,  obra  de la Hermana Benedictina  Alejandra Izquierdo; en un estilo moderno, alegre, ágil y sencillo. En ellas evoca la vida de Teresita, su pensamiento, su vivencia de Dios, su juventud jocosa, su deporte favorito de la equitación, su familia y lugares que frecuentó. Todo un panorama atrayente de su existencia.

En el mural de la Cúpula sobre la tumba de Teresita, tiene al Espíritu Santo en el centro y la Creación Divina del Universo. En el contorno, el sol, la luna y algunas constelaciones. Alrededor de él,  se encuentra la lámpara circular que fue confeccionada por el artífice Pedro Prado, siguiendo el modelo de la Iglesia Palatina de Aquisgrán.  

Al  lado este se encuentra la Capilla Penitencial, donde se encuentran 8 confesionarios de los sacerdotes que acogen  a los peregrinos para llevarlos a Dios. En su interior un mural que nos invita a arrojarnos con nuestras faltas y pecados en el abismo, en el océano de misericordia (Carta 143) y en su centro un ícono polaco de Cristo, Señor del Mundo , que fue donado por Monseñor Camilo Vial.

Al lado oeste se encuentra  una pequeña   Capilla de la Eucaristía con un altar en su centro y al fondo  la imagen del Santo Cristo,  réplica de la imagen original que se encuentra en el Monasterio.