Se ubica al interior de la Cripta, por el costado sur. Es una sala que resguarda las más apreciadas reliquias de nuestra  Primera Santa. Aunque este Museo siempre estuvo en los planos del Santuario, fue uno  de los últimos espacios que se habilitó. Antes de la construcción del Santuario la Comunidad de Carmelitas Descalzas custodió estos tesoros en el antiguo Monasterio del Espíritu Santo en Los Andes, algunos de estos enseres religiosos fueron donados por la Señora Lucía, madre de Juanita Fernández, por amigas y demás familiares.

Todas estas reliquias, la hace más cercana al peregrino, pues nos muestras diversos aspectos de la vida de Teresita, como cuáles eran sus costumbres, como estudiaba; también nos da una idea  de ella como era, a través de su hábito y libros.